目前主要采用的消毒处理法主要有：具有杀菌作用的化合物（如在医院应用的甲醛）、液氯、臭氧、紫外线、银铜等金属离子、二氧化氯。但由于液氯消毒带来的二次污染和余氯的对人体的刺激问题，一些没有类似问题的消毒方法得以应用。其中，臭氧、紫外线和二氧化氯是最主要的新兴消毒方法。
水消毒方面：
液氯是世界范围内城市自来水厂最为广泛应用的消毒方法，也是早期游泳池消毒主要采用的消毒剂。国内大多数自来水厂和游泳池是直接将氯注入原水中，利用氯对自来水进行消毒。随着水源的污染加重，氯的注入量逐年增加，氯与水中的有机物反应生成的有机氯化合物（THM）已开始严重威胁人类的健康。
目前，臭氧和紫外在发达国家自来水厂得到广泛应用，二氧化氯也开始在中国市场开始得到认可。市场对三种技术的需求，导致这些技术的大力发展，这三种技术替代液氯等对人体有害的消毒方法是早晚的事。
空气与器械消毒方面：
医院空气需经常进行消毒杀菌，但大多数仍采用甲醛、紫外等传统方法。甲醛熏蒸对时间的要求较长，而且甲醛本身对人体有害，杀菌后，通过换气又将甲醛排放到了大气中，产生了二次污染。传统的紫外穿透性很差，一旦有遮挡就没有杀菌效果，因此杀菌效果不彻底。
而对于臭氧来讲，它可以像熏蒸一样遍及各个角落，而且存续时间在20-30之内就分解为氧气，应用空间彻底消毒杀菌并投入继续使用的时间不会超过2个小时。关键的是：它的杀菌效果比紫外和甲醛的综合效果还要好。
用臭氧代替紫外和甲醛进行医院空气杀菌消毒是很好的选择。
表1 各种消毒方法简单比较
| 液氯 | 臭氧 | 紫外线 | 银、铜金属 | 二氧化氯 |
需要处理时间 | 10-30分钟 | 5-10分钟 | 最小 | 120分钟 | 比液氯稍快 |
对细菌有效性 | 有 | 有 | 有 | 有 | 有 |
对病毒有效性 | 有一些 | 有 | 有一些 | 无 | 有一些 |
设备投资 | 最低 | 液氯5倍以上 | 比臭氧高 | 比臭氧、紫外线稍低 | 比液氯高，比其它方法低许多 |
运行费用 | 最低 | 比液氯高 | 与臭氧类似 | 比臭氧、紫外线高 | 比液氯高，比其它方法稍低 |
优点 | 价廉，技术成熟，有保护性余氯，有持续杀菌的能力。 | 除色臭味快，广谱杀菌消毒，消毒效率可达一般氯消毒的15倍。无二次污染 | 杀菌效应快，不用药剂 | 具有持久性的杀菌效力 | 价廉，可现场制造，技术已趋成熟。可充分除菌，并可降解水中残留的少量污染物。有持续杀菌能力。 |
缺点 | 对病毒无效，其氧化产物对人体有害，并有刺激气味和损害人体皮肤。 | 价较贵，无保护性余量，无持续杀菌能力。安全要求高。 | 价贵，无持续杀菌能力，对水的前处理要求高。 穿透力弱。 | 杀菌速度太慢，而且运行费用太贵。胺和其它的污染物质干扰消毒。高浓度对人体有害。 | 对病毒无效;气态的二氧化氯是剧毒的化合物，对人体有害，且与液氯一样会有致癌的二次污染物产生。 |
适合处理类型 | 所有类型的污水处理或给水处理 | 适合所有场合水处理的杀菌和消毒；空气消毒；器械表面消毒 | 不适合污水处理；简单空气杀菌 | 给水和轻度污染的污水 | 所有类型的污水处理或给水处理 |
从理论上讲，银、铜金属离子消毒的造价及运行费用都非常昂贵，特别是这些金属离子都是重金属，在世界范围内都对水中金属离子的浓度进行了严格的限制。长期处于金属离子水中的生物会在体内积累可能超过安全指标的重金属离子，从而对生物体及生态环境产生危害。
以环境安全和有效性来考虑，臭氧无疑是最好的选择。
