北京大学环境工程研究所成立于一九九五年六月。作为北大发展工程科学的试点，北京大学环境工程研究所借助环境科学与工程学科整合的优势，经过数年不懈的努力已经拥有环境工程博士点和硕士点。北京大学环境工程研究所现有占编教师和其它全时工作人员二十余名。迄今为止，已经和正在培养的博士后、博士生和硕士生达150余名。

    北京大学环境工程研究所是一个以理工结合为特色的教学和科研机构。近年来，充分发挥北京大学学科综合的优势，取得了不俗的业绩。利用环境科学和治河工程学科交叉的优势，承担了治理深圳河工程环境评估、监察与审核、底泥分析和区域综合规划等一系列具有重要影响的科学咨询工作，为区域环境保护做出了贡献。主持完成了国家自然科学基金重大项目“江河泥沙灾害形成机理及其防治研究”、欧盟科技合作项目“可持续的区域水资源利用模式和环境管理战略研究”、中国―加拿大(CIDA)合作项目“防洪、生态保护和可持续发展研究”。研究所人员还曾获得国家优秀中青年专项基金、国家杰出青年基金、国家教委霍英东基金、国家教委重点基金、国家教委博士点基金、国家科技攻关项目子题等30多项基础研究项目。此外，还曾完成200余项环境评估、环境工程咨询和治理项目。近年来，发表学术论文200余篇，出版专著5部。有关成果获得了3项教育部科技进步奖，1项北京市科技进步奖、中国青年科技奖和首届全国优秀博士后奖，以及十余项其他奖励。2000年，环境工程研究所与兄弟院校联合申请并获得了具有环境与工程学科交叉特点的“水沙科学教育部重点实验室”；2001年，与现环境科学系一道成功申请了环境科学重点学科；2002年，初步建成了环境工程实验室；2004年，初步形成了产学研结合的发展模式。北京大学环境工程研究所致力于推动理工结合的交叉学科的发展，同时还是国家级学报《应用基础与工程科学学报》的依托单位。

    北京大学环境工程学科建设的步伐正在加快。实验室的先进仪器设备，如：气相色谱、液质联机(LC/MS)、火焰和石墨炉原子吸收分光光度计、TOC/TN测定仪以及紫外/可见光光谱仪等，为教学和科研工作的开展提供了基础。环境微生物和天然产物提取实验室已经初具规模。在深圳研究生院建成了特种废水实验室。与此同时，北京大学环境工程学科在国际合作和国内学术活动中非常活跃。近年来，结合研究所主持的欧盟科技合作项目、加拿大CADA合作项目等，与德国、英国、加拿大、美国、韩国、日本的著名科研机构建立了很好的实质性合作关系；研究所成功地组织了国际和国内若干重要的学术会议，研究所成员还担任了许多国际会议的科学委员会委员、并多次作为特邀报告人担任国际水沙科学协会(IASWS)常务理事、东北亚文化环境理事会理事、全国政协委员、全国政协人口环境资源委员会委员、中国社会经济理事会理事、中国自然资源学会理事、国家土地监察专员、《科学通报》编委、《人口资源环境》编委、《北京大学学报》编委、《水科学进展》编委、《InternationalJournalofRiverBasinManagement》编委和《应用基础与工程科学学报》编委会主任等，在促进学术交流和为社会服务方面做出了应有的贡献。

    由于交叉科学的吸引力，环境工程研究所每年招收的研究生皆为全国著名高校的优秀学生，且多数为免试推荐研究生，理科与工科的学生比例大致相当，对跨学科研究起到了显著的促进作用。目前，环境工程研究所在特种废水处理、环境微生物、固定化微生物技术、环保材料、天然产物提取、水资源管理、水沙环境与生态恢复、风沙工程等领域开展了大量的研究工作，有些专利成果已在一些重要的示范工程中得到成功的应用，获得国家重点环保技术示范工程奖。