农业依赖大量的肥料和杀虫剂以增加作物收成量。杀虫剂中毒在发展中国家是很重大的问题，大约有5到10%的农业工人显著暴露于有害的化学品。
可见于肥料和动物粪便中的硝酸盐是另一种与农业使用有关的主要污染物。这些污染物可在水资源中达到高浓度并引起许多人类健康问题。
有些工业废料，包括重金属，并入污水系统，因此与液体废料排放一起进入水循环中。水资源评估署估计在发展中国家，70%的工业废料未经处理即倒入水中，因此污染可用的供水。
其他工业废料处理方法包括在垃圾填埋场燃烧或掩埋污染物。当填埋的污染物渗透土地进入地下水系统或者大气层污染物进入降水（如酸雨）中，这些方法也会造成污染。
