当企业正兴奋于此技术升级带来的可观效益时，侵权纠纷随之而来。12月20日，在合肥市中级人民法院，该企业和当初的技术合作伙伴对簿公堂。
原告陈协是江西省科学院研究人员，在庭审中，他称自己对于环保中厌氧处理技术(一种处理生化污水的技术)的研究在国内外较为领先。安徽省该国企目前使用的污水处理装置正是他在2005年申请的三项相关技术的专利之一。于是他以该企业侵犯了他的专利权为由诉至法院。
该企业的代理人则提出，他们使用的技术是在1996年国内公开发布使用的技术基础上进行的改进。2005年陈协就先前合作的技术向国家知识产权局申请了实用新型专利，得知这一事实后，该企业于2006年向国家知识产权局提出宣告陈协的专利无效的请求。他们认为，陈协的技术和现有公知技术相同，若申请专利，有欺骗之嫌，而且若公知技术被申请了专利，那将对整个行业产生危害。
该企业主营柠檬酸、氨基酸、燃料酒精等，近年来发展提速，废水排放量增大，原有的环保装置不能满足排污所需。当2003年由陈协任法人代表的科能公司以陈协研发的污水处理新技术向他们抛出“橄榄枝”时，该企业在2003年6月30日和科能公司签下了技术改造合同，委托科能公司对已有的污水处理装置进行改造，并约定改造的技术内容没经过科能公司的同意不得移作他用。若改造成功，该企业将支付12万元的技术服务费。
据该企业的工作人员介绍，技术改造确实使工作效率明显提高，经过处理装置的净化和分解，不仅大大降低了废水的污染指标，而且还产生大量的沼气能源。可是陈协的设计无法满足企业对整个污水处理系统的要求，2004年之后，为了节约投资成本就没有再和陈协续约。通过这几年对污水处理装置的研究，他们在公知技术的基础上自主开发了新型污水处理装置，正是这一装置引来陈协的质疑。
该企业认为他们对公知的污水处理技术的升级并没有侵犯陈协的专利权，由于双方分歧较大，没有当庭达成调解意见。
